אנתרופולוג ישראלי נמלט מהארץ, מזכרונות מרים שרודפים אחריו, ומוצא מקלט בג'ונגלים של האמזונס, בחיקו של שבט אינדיאני מבודד. קסנן, מנהיג השבט, והצעירה התמירה יאקורה, בת דמותה של אלת היער, משלבים אותו בחיי השבט, ואט-אט הוא נלכד במבוך עולמם המאגי. מעבר לכל עץ מעצי היער, בהמשכו של כל שביל הנעלם בסבך, בתוכה של כל מערה מקודשת ובקיצו של כל לילה, ממתינים לו סודות שעליו לפענח, שרידים של תרבויות מפוארות שהיער בלע, חידות ואותות. כאשר הוא מנסה להיחלץ ממבוך הסודות, הוא מגלה שיש לו תפקיד מכריע במערכה המתנהלת בין בני היער לבין הציווליזציה העוינת, הרציונלית לכאורה, שמקיפה אותו. הוא יודע שרק אם יתמסר למערכה, עד לסופה, ייפתרו החידות הרבות שהיער הציג לו, ועימן חידת חייו.

'כשהזמן נסדק והעצים בוכים' הוא ספר על אהבה, זיכרון, כמיהה וגורל. זהו גורל שלא ניתן לחמוק ממנו - גורלם המשותף של כל בני התמותה. יצר המוות המקנן בגיבור הספר פותח בפניו דרכים נסתרות, ואלה מובילות אותו אל לב היער - אל המקום שבו הזמן נסדק והעצים בוכים.

'כשהזמן נסדק והעצים בוכים', הרומן הראשון של האנתרופולוג נחום מגד, מבוסס על היכרות אינטימית עם התרבות האינדיאנית בת-זמננו, ומשלב עניין עמוק במיתוס ובמאגיה עם דמיון ספרותי מפתיע ורב-עוצמה.